De bouwheer had met de aanleg van het slot twee bedoelingen: in de eerste plaats moest Troja dienen als een zomerresidentie en lustslot in de Boheemse hoofdstad, daarnaast kon het bij gelegenheid fungeren als rustplaats en jachtslot voor de keizer. Deze laatste was namelijk eigenaar van het aangrenzende jachtgebied 'Stromovka' genaamd.
De keuze van het type van kasteel was niet toevallig: zij ging gepaard met de pogingen om de politieke positie van de Tsjechische hogere adel te herverstevigen na de nederlaag van de Boheemse Standen. Tijdens en na de Dertigjarige Oorlog werd de invloed van de buitenlandse hogere adel namelijk steeds groter en belangrijker voor de Habsburgse keizer.
De bouwheer van het kasteel stierf in 1708. Hij werd opgevolgd door verschillende eigenaars van de Sternberg familie. In 1757 werd het kasteel zwaar verwoest tijdens de belegering van Praag door het Pruisische leger. Daarom verkocht Jan van Sternberg het kasteel aan keizerin Maria Theresia die het liet restaureren voor het instituut van de adellijke dames die hun zetel hadden in de Praagse Burcht. Doch reeds in 1776 verkocht de keizerin het weer en daarna is het kasteel in handen geweest van verschillende wereldlijke en geestelijke eigenaars. In 1842 kwam het in handen van ridder Ferdinand Windischgrätz.
Tussen 1977 en 1989 werd het kasteel grondig gerestaureerd en het wordt nu gebruikt door de Nationale Galerij van Praag als tentoonstellingsruimte.
Tegenwoordig is in Troja een deel van de verzameling Tsjechische 19de eeuwse schilderkunst van de Nationale galerij ondergebracht.  In de voormalige stallen is een tentoonstellingsruimte ingericht.

Met uitzondering van de gebeeldhouwde trappartij oogt de buitenkant betrekkelijk sober. Karakteristiek is wel het rode en witte pleisterwerk.
De vele thema's en motieven aan de buitenkant en zeker in het interieur dienen maar één doel: de verheerlijking van het huis Habsburg en de dank aan God voor het schenken van deze heerschappij aan de Tsjechen. Het Habsburgse huis was immers de bewaker van het christendom tegen de Turken.
Dezelfde intentie spreekt uit de beeldengroep die de ovale trappartij aan de hoofdgevel van het slot siert. Op de trapleuning staan beelden van antieke goden. In de ovale put liggen de twee Giganten die de Heerschappij van de Goden tevergeefs betwistten. Het geheel beeldt de zogenaamde 'Strijd der Giganten' uit en symboliseert de juistheid van de door God bepaalde wereldorde. Het werk is van Jan Jiri Herrmann en zijn neef Pavel. Hetzelfde thema wordt overigens uitgebeeld door de beelden op het hek van de Praagse burcht.

Rond het slot loopt een uit twee delen bestaande Franse tuin die uitkijkt op de in de verte gelegen Praagse burcht. Het slot zelf wordt eerst omringd door een terras dat hoger is gelegen dan de beide tuinen. Via de monumentale trappen bereikt men de eerste tuin, waar in het midden een grote fontein staat. Even verderop staat het huis van de tuinman met daartegenover de oranjerie. Een trap leidt naar de tweede tuin, die lager is dan de eerste. Daar bevindt zich een poppentheater, waar in de zomer ook concerten worden gegeven.
In het midden van de geometrische aangelegde tuin is een doolhof aangelegd.

De interieurdecoratie is echter overvloedig.
De vertrekken binnen zijn aan het plafond en de muren voorzien van enorme historieschilderijen, die de heerschappij van de Habsburgers en de familie Sternberg verheerlijken. Graaf Sternberg droeg in 1689-1690 de decoratie van het interieur van het slot op aan de Italiaan Giovanni Marchetti en zijn zoon Giovanni. Dit was echter niet tot zijn volle tevredenheid, want kort daarop nam hij de Antwerpenaar Abraham Godin in dienst om het karwei af te maken.
Het hoogtepunt vormen de fresco's in de Grote Zaal, geschilderd door de Antwerpenaar Abraham Godyn. Godin ontwierp voor de grote zaal een imposante trompe l'oeil architectuur. In het midden van het plafond bevindt zich het 'Alziend oog', waaromheen zich de hoge geestelijken en de leden van de Habsburgse dynastie groeperen met talrijke zinnebeelden die de eenheid tussen de kerk en de staat symboliseren.
Aan de linkerwand beeldt een groot fresco de 'Triomftocht van keizer Leopold I' uit na de zege op de Turken in 1683 bij Wenen.
Op de tegenoverliggende muur wordt Rudolf van Habsburg getoond die zijn paard ter beschikking stelt aan de priester, opdat deze een stervende het laatste oliesel geven kan.
De muren in de lengterichting sierde Godin met afbeeldingen van Rudolf I, Friedrich III, Ferdinand II en Ferdinand III. Boven de ramen bevinden zich de borstbeelden van negen andere leden van het huis Habsburg.

Vlakbij het slot ligt de Zoo. Deze dierentuin is gevestigd op een terrein dat vroeger bij het slot hoorde. Dat is te zien aan het gebouwtje rechts van de ingang dat in dezelfde stijl is opgetrokken als het slot en zijn bijgebouwen. De kleine zoo ligt op de flank van een heuvel, waardoor de omgeving en de uitzicht al de moeite waard voor een wandeling.